При выдаче дохода налоговый агент обязан удержать налог (ст. 226 НК РФ). К доходам относится, в том числе и вознаграждение за труд. При этом зарплата, как и каждая ее часть, представляет собой указанное вознаграждение.
Из этого Минфин в письме от 05.05.2017 № 03-04-06/28037 сделал вывод, что при выплате аванса работнику могут применяться положения ст. 226 НК РФ.
Стоит отметить, что ранее Минфин и ФНС утверждали, что налог на доходы удерживается с зарплаты только при окончательном расчете за месяц (письма Минфина от 03.07.2013 № 03-04-05/25494, от 18.04.2013 № 03-04-06/13294, ФНС от 15.01.2016 № БС-4-11/320, от 26.05.2014 № БС-4-11/10126@).
Минфин разрешил удерживать НДФЛ при выдаче аванса