После проверки налоговики доначислили ООО более 8 млн рублей НДС. Поводом для этого стало то, что компания приняла к вычету НДС от контрагентов, которые потеряли в результате суда права на спецрежимы, но выставляли ООО счет-фактуры без выделения НДС. К тому же инспекторы увидели некоторые признаки взаимозависимости ООО и контрагентов.
Суды всех инстанций признаков аффилированности не нашли. Насчет вычетов судьи посчитали, что отсутствие выделенного НДС в счетах-фактурах не отменяет необходимости в ходе выездной налоговой проверки учитывать и определять действительный размер налоговых обязательств при переквалификации налоговым органом совершенных налогоплательщиком хозяйственных операций, в том числе учитывать налоговые вычеты вне зависимости от наличия соответствующих налоговых деклараций налогоплательщика. Решение о доначислении было отменено.