ИФНС провела камеральную налоговую проверку представленной обществом декларации по НДС с суммой налога к возмещению, по результатам которой в возмещении отказала. Инспекция установила, что компания с начала года применяла УСН, но с апреля создала филиал, таким образом утратив право на спецрежим. Проверяющие пришли к выводу, что в действительности филиал не был создан и не осуществлял реальной деятельности. Его образование было формальным для досрочной утраты права на спецрежим и возмещения НДС. Соответственно, общество не утратило право на УСН и должно было уплачивать налог в рамках упрощенки.
Организация обратилась в суд. Она ссылалась на наличие деловой цели при открытии филиала и его реальной деятельности. Несвоевременная подача уведомления об открытии филиала не умаляет факта его наличия. Вносить сведения о филиале в устав не было необходимости согласно закону.
Однако суды трех инстанций в удовлетворении требований отказали. Они указали, что создание филиала предполагает совершение ряда действий, как то: утверждение положения о филиале, наделение его имуществом, назначение руководителя, указание филиала в ЕГРЮЛ. При этом общество не подало в ИФНС информацию об открытии филиала и переходе на ОСНО до момента получения запроса инспекции. Подразделение не было наделено имуществом, не вело раздельного бухгалтерского и налогового учета, не имело открытых расчетных счетов, отдельного баланса, не сдавало отчетность о работниках и не выплачивало им зарплату. Кроме того, согласно уставу сведения о филиалах и представительствах должны были в него вноситься.
Таким образом, признаки филиала у структурного подразделения отсутствовали и общество не утратило право на применение УСН, в связи с чем неправомерно заявило НДС к вычету.