Компании на ОСН (ранее была на спецрежиме) отказали в вычетах НДС, так как у контрагентов в счет-фактурах не был выделен НДС. Фирма обратилась в суд. По мнению налогоплательщика, он вправе применить вычеты по НДС в связи с переводом по итогам выездной проверки на ОСН, несмотря на то, что контрагенты в выставленных счетах-фактурах не выделили НДС. Контрагенты были также переведены на ОСН, им был доначислен НДС по спорным операциям.
Судьи встали на сторону компании, так как счета-фактуры были выставлены ей до реконструкции инспекцией налоговых обязательств контрагентов, при этом гражданские обязательства сторон не изменились в последующих периодах ни в части цены, ни в части объемов реализации.
Отсутствие выделенного НДС в счетах-фактурах не исключает обязанности ИФНС в рамках выездной налоговой проверки определять действительный размер налоговых обязательств, в том числе учитывать вычеты вне зависимости от наличия соответствующих налоговых деклараций налогоплательщика.
Верховный Суд РФ согласился с мнением нижестоящих судов.